Thông thường những nguyên nhân gây ra bệnh ở thủy sản sẽ đến từ các yếu tố sau:
+ Nhiệt độ nước: Khi thời tiết thay đổi đột ngột như mưa gió, lũ lụt sẽ làm cho nhiệt độ nước thay đổi đột ngột khiến thủy sản dễ bị sốc, gây bệnh.
+ Độ pH: Nếu độ pH<5 hoặc > 9,5 có thể làm cho thủy sản yếu đi hay chết.
+ Lượng oxy hòa tan trong nước: Hàm lượng oxy hoàn tan trong nước quá cao hay quá thấp đều ảnh hưởng đến thủy sản. Nếu hàm lượng oxy xuống thấp dưới 1mg/lít, nhiều loài tôm, cá sẽ nổi đầu, dẫn đến chết vì ngạt. Ngược lại nếu hàm lượng oxy quá cao thường làm cho tôm cá bị bệnh bọt khí.
- Yếu tố do tác nhân gây bệnh (vi sinh vật):
+ Các tác nhân gây bệnh là virus, vi khuẩn, nấm mang tính thực vật được gọi chung là vi sinh vật. Bệnh của nó gây ra thường là bệnh truyền nhiễm.
+ Các tác nhân gây bệnh là nguyên sinh động vật, giun sán, giáp xác… mang tính động vật gọi là kí sinh trùng. Bệnh của nó gây ra thường là bệnh ký sinh.
+ Ngoài ra, một số loài sinh vật trực tiếp ăn tôm cá, đe dọa tôm cá như côn trùng nước, rong tảo, cá dữ, ếch, rắn, chim bói cá…
+ Việc phát sinh bệnh còn phụ thuộc vào sức đề kháng của cơ thể với bệnh của ký chủ. Các loài khác nhau, ở mỗi giai đoạn khác nhau sức đề kháng cũng khác nhau.